天然腸衣應用不當可能帶來的風險主要包括化學性危害和物理性危害。‌

1、化學性危害

天然腸衣在加工過程中可能會殘留一些化學物質，如氯黴素、多氯聯苯、硝基呋喃類、鹽酸克倫特羅、磺胺類、有機氯和重金屬等。這些物質中有些是禁用藥物，有些是限用藥物。如果加工過程中對這些藥物的使用和監控製度執行不當，可能會導致天然腸衣被檢測出這些有害物質，從而影響產品的出口和銷售‌。

2、物理性危害

天然腸衣在應用過程中還可能存在物理性危害。例如，如果天然腸衣在加工或儲存過程中出現破損，可能會導致細菌、病毒或其他有害物質侵入，從而汙染食品。此外，天然腸衣的透氣性較差，可能會影響肉製品的保存和風味。‌

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